A Covid-19 járvány: miértek és mikéntek

Alapinformációk a SARS-CoV-2 vírusról

Taxonómiai besorolás: RNS-vírusok

• Család: Coronaviridae
• Nem: Betacoronavirus
• Faj: SARS coronavirus
• Típus: SARS-CoV-2

Szerkezet: helikális szimmetriájú burkos vírus
Genom típusa: lineáris pozitív egyszálú RNS, mérete 29903 bázispár
Eredeti elnevezés: 2019-nCoV
Jelenlegi elnevezés: SARS-CoV-2
Gazdasejthez való kötődés: S protein által
Receptor: ACE-2 (angiotenzin-konvertáló 2 enzim) , koreceptor: TMPRRSS2 (transzmembrán szerinproteáz 2)
Filogenetikai rokonság: patkósdenevér (Rhinolophus affinis) BatCoV RaTG13 (96%-os egyezés)
Kórkép: COVID-19
Terjedés: cseppfertőzéssel (köhögés, tüsszentés), vírussal fertőzött tárgyakkal, széklettel(?)
Terjedési távolság: kb. 2m
Fertőzési ráta: kb. 2,2
Lappangási idő: 3-7 nap, esetenként 14 nap
Tünetek: láz, köhögés, légszomj
Inaktiválás: szappanok, detergensek, alkohol- és klóralapú fertőtlenítőszerek, 60 ^oC feletti hőmérséklet, UV-sugarak

__________________________________________________________

Mi a vírus?

Mi a vírus? – dr. Papp Judit adjunktus (BBTE, MBÖI) összefoglalója – letölthető .pptx és .pdf

Mi is ez a SARS-CoV-2 vírus és a COVID-19 járvány? No és mik a koronavírusok?

•  💡 Különböző vírusváltozatok állhatnak a Közép-Európai országok járványának hátterében. Magyar kutatócsoport tanulmánya magyarországi mintákról. (angolul)
• Mit tudunk és mit nem a vírusról, a járványról, és a járvány kezeléséről? Klassz cikk a The Atlantic-on (angolul)
• Hogyan mutálódik a vírus? Mit lehet mindezekből megtudni? Egy nagyszerű és ugyanakkor nagyon is egyszerű összefoglaló mutációkról és földrajzi terjedésről. (angolul)
• Széleskörű tesztelésre készülnek egyetemi összefogással Magyarországon. A hogyanokról és a mikéntekről (magyarul)
• Hogy reagál a gazdaság? Mekkor a baj a gazdasági szférában? A BBTE Közgazdaság- és Gazdálkodástudományi Karának COVID-19 oldala (magyarul is) – jó kis összefoglaló a céges környezet reakcióiról (románu, magyarul, angolul)
• Kiváló interjú intézetünk külső munkatársával dr. Rózsa Lajos parazitológussal, az MTA kutatójával a Könyvesblogon koronavírusról, járványról és alapkutatásokról (magyarul)
• És mi van ha már elkaptam? Honnan tudhatom meg, mennyire lehetek biztos benne, mit kell tennem, hogyan kell viselkednem. A The Guardian jó kis összefoglalója (angolul)
• Pandémia, oltás, nyájimmunitás – a Transindex beszámolója egy Barabási Albert-Lászlóval készült beszélgetésről a Hősök Tere Karantén Szalon keretében (magyarul)
• „Ez nem influenza, hanem egy olyan vírus, ami a világ legfejlettebb kórházait is túl tudja terhelni” – interjú dr. Varga Mátéval, az ELTE biológus oktatójával és Intézetünk vendégoktatójával a COVID-19 járványról és a járványokozóról. (magyarul)
• NextStrain: A SARS-CoV-2 vírus törzsfája – egészen pontosan egy interaktív törzsfa az összes vírusváltozattal. Igazi ínyencség! (angolul)
• A COVID-19 járvány romániai dinamikájának modellezése – dr. László Zoltán, a BBTE Magyar Biológiai és Ökológiai Intézetének docense (magyarul)
• Hogyan is támad, hogyan is replikálódik a vírus? És mi köze van a HIV-hez? (angolul)
• Hogy is néz ki a SARS-CoV-2 vírus genomja? Milyen fehérjéket kódol, s ezeknek mi lenne a szerepe? A New York Times klassz képekkel és jó kis genetikai kódokkal megfűszerezett cikke. (angolul)
• A World Health Organisation (WHO) COVID-19 összegzője (angolul)
• Miért terjedhet olyan könnyedén a SARS-CoV-2 vírus? A Nature cikke (angolul)
• A New Yorker összefoglalója a koronavírusokról, evolúcióról és a jelenről (angolul)
• Minden, amit eddig tudunk az új koronavírusról. (magyarul)
• Magyar Koronavírus Kézikönyv 2020 (magyarul)
• A XXI. század három nagy koronavírus járványa: SARS, MERS és COVID-19 – egy kis járványösszehasonlító (angolul)
• A koronavírusok – dr. Papp Judit adjunktus (BBTE, MBÖI) összefoglalója – letölthető .pptx és .pdf (magyarul)

Gyógymódok, oltás-fejlesztések

•  💡 A jelenlegi járványt okozó koronavírus elleni vakcinajelöltek közül tíz már emberi kipróbálás alatt van. Az oltóanyag-fejlesztés korábban nem látott gyorsasággal zajlik. Melyek a legaggasztóbb problémák, amelyekkel a kutatók szembesülnek, és miben reménykedhetünk mégis? A kérdéseket Ferenci Tamás biostatisztikus válaszolja meg az mta.hu számára írt összeállításában. (magyarul)
• Hongkongi esettanulmány – úgy tűnik, hogy bizonyos elérhető gyógyszerek kombinációi hatékonyak lehetnek a vírus ellen. Persze: tesztelni, tesztelni, tesztelni! (angolul)
• Újabb oltás/gyógymódösszefoglaló és jó kis infografikák a The Pharmaceutical Journal-től, (angolul)
• Vakcinafejlesztési összefoglaló – milyen gyógyszerekkel próbálkoznak, milyen új lehetőségek vannak és melyek a zsákutcák – Karanténnapló: a Science Meetup jó kis összefoglalója didaktikus bemutatóval. (magyarul)
• Hogy állunk az oltásokkal? Ki dolgozik, milyen típusú oltáson, és hol áll a teszteléssel? A Nature összefoglalója. (angolul)

 Tévhitek, viták, nyitott kérdések

• VÍRUSEREDET. A vírusról újra és újra felröppen a hír, hogy vagy mesterségesen előállított, vagy kínai laborokból szabadult ki. Érdekes, hogy a legegyszerűbb változat, mely szerint egyszerűen átugrott emberre valamilyen állatfajról bizonyos körökben nem tűnik elfogadhatónak. A The Guardian jó kis összefoglalója és tisztázó cikke a témáról (angolul)
• ÚJRAFERTŐZŐDHETÜNK A VÍRUSTÓL? A FALS POZITÍV/NEGATÍV VITA. Dél-Koreában többen úgymond újrafertőződtek, miután előzőleg már kigyógyultak. A hír kifejezetten aggasztó volt első hallásra. De vajon tényleg fertőződtek, vagy….? Valójában fals pozitív teszteredmények lehetnek, azaz, egész pontosan, elhalt vírusok maradványát sikerült kimutatni, nem többet. (angolul) És íme egy nagyszerű magyar összefoglaló a tesztproblémákról (magyarul)
•  Figyelnünk kell az áltudományos hírekre, állításokra is. A Nature kiváló, gondolatébresztő cikke tudományos felelősségről és álhírekről. (angolul)
• Belga kutatócsoport jött az ötlettel, hogy az Európán belül fertőzöttségben tapasztalható különbségek GENETIKAI ELTÉRÉSEKre vezethetők vissza. A felvetésnek nagy sajtóvisszhangja lett nálunk. Következtetéseik azonban hibás adatsorokon alapulnak. Erről és a kutatók felelős hozzáállásának igényéről beszélt dr. Markó Bálint kollégánk a Transindexen és a Maszolon is. (magyarul)
• A BCG-VITA: Valóban megvéd a BCG-oltás a betegségtől? Habár egyes tanulmányok ezt sejtetik, józanabb hangok óvatosságra intenek. (angolul)
• A DOHÁNYZÁS-VITA: negatív hatása van-e a dohányzásnak vagy sem? A kérdésre a válasz látszólag egyértelmű, hiszen a dohányzás károsíja a tüdőt és a légutakat, de egyes meta-elemzések pontosan ennek ellenkezőjét állítják, azaz, hogy a dohányosoknak kisebb százaléka fertőződik. Mások, ugyanazon adatsorok alapján (!) pont az ellenkezőjére világítanak rá, kiemelve azt, hogy amennyiben viszont egy dohányos fertőződik, akkor jó eséllyel sokkal durvább lefolyású betegségre számíthat, mint nem-dohányzó sorstársai. És végül íme a meta-elemzések összefoglaló elemzése, hogy minden jó legyen, no meg egy másik zárszó-szerűség. A végső üzenet így vagy úgy az: ha közvetlenül nem is, de közvetve biztosan negatívan hat a dohányzás, hiszen más, a betegség szempontjából negatív hatású szövődmények megjelenéséhez vezethet. (angolul)
• A fertőzés egyik jele lenne a SZAGLÁS ÉS ÍZLELÉS időleges elvesztése. Egyesek ebben a vírus idegrendszerre gyakorolt potenciálisan negatív hatását vélték felfedezni. Vajon tényleg annyira különleges a szaglás időszakos elvesztése? Vajon tényleg idegrendszerszintű hatásokra kell gyanakodni? Ez a cikk kicsit kontextusába helyezi a jelenséget, némileg demitizál. (angolul)
• IGAZ VAGY HAMIS? Tévhitek és bizonytalanságok a SARS-CoV-2 koronavírussal kapcsolatban – dr. Papp Judit adjunktus (BBTE Magyar Biológiai és Ökológiai Intézet) összefoglalója (magyarul)
• A MASZK-VITA klassz összefoglalója. Végkövetkeztetés: igen, hasznos a maszk, csak lehet, hogy másként, mint gondolnánk. (angolul)
• Meddig marad „életben” a vírus a különböző felületeken? És meddig mutatható ki? Triviális kérdés, de a válasz nem az. Kicsit olyan mint a medve és a medvenyom közötti összefüggés, hogy hazai példával éljünk. Nem mindegy medvét látni, vagy medvenyomot, még ha mind a kettő a medvére utal is. (angolul)
• Hogy működik a koronavírus, lehet-e még egyszer fertőződni? A The Guardian kis videója (angolul)
• Honnan származik a SARS-CoV-2 vírus? Denevér, tobzoska, vagy valami más? Kun Ádám nagyszerű cikke ezt a problémát taglalja. (magyarul)

Járványok terjedése, járványmegelőzés

•  💡 A maszkviselés elviselhető könnyedségéről és hasznáról szól a Karanténnapló 4. fejezete (magyarul)
• Ne csináljunk bűnbakot a denevérekből! – interjú a Transindexen Bücs Szilárd denevérkutatóval (magyarul)
• Egyszerű és gyors megoldást dolgoztak ki magyarországi biológusok (és nemcsak) a járvány elterjedtségének tényleges felmérésére – máshol, máskor is alkalmazható – Vajna Tamás cikket a Qubit-en. (magyarul)
• A Johns Hopkins Orvosi Egyetem honlapján követhető a járvány állapota világszinten a hivatalos adatok alapján (angolul)
• Meddig is maradnak a cseppek a levegőben? Mit is jelent a cseppfertőzés? (angolul)
• Denevérek. Van-e közük a járványokhoz? Tévhitek és természetvédelmi problémák. Merlin D. Tuttle A Viral Witch Hunt című cikkének fordítása. (magyarul)
• A járványok nem előzhetők meg. Illetve, mégis. Egészen pontosan a járványokozók megjelenése nem megelőzhető, de világjárvánnyá alakulásuk már igen, ha időben lépünk. Magyar kutatók dolgoztak ki egy ilyen jellegű protokollt, erről és még sok egyébről beszél dr. Földvári Gábor kutató, aki egyébként a Kolozsvári Biológus Napok egyik plenáris előadója volt 2009-ben (magyarul)
• Álljunk bosszút a rohadékon! – interjú dr. Jordán Ferenc hálózatkutató biológussal a járványról, tennivalókról, jelenről és jövőről. Jordán Ferenc a Kolozsvári Biológus Napok egyik plenáris előadója volt. (magyarul)
• Miért exponenciális egy járvány dinamikája, és hogyan lehet a görbét elsimítani? A Washington Post sokat hivatkozott cikke (angolul)
• Bevezetés a járványdinamikába: járványdinamikáról és a jelenlegi intézkedésekről szól Kun Ádám cikke. (magyarul)
• Mi az a hírhedt járványgörbe, és helyesen járunk-e el, ha megpróbáljuk kilapítani? Kun Ádám cikke a Qubit-en. (magyarul)
• Jó-e maszkot viselni, és ha igen, miért? A válasz nem olyan egyértelmű sokszor, de Sui Hang tudományos érvelésekkel és didaktikus ábrákkal teletűzdelt cikke erre próbál jó választ adni. (angolul)

Esettanulmányok

•  💡 Egy átfogó tesztelést indított négy egyetemből álló konzorcium Magyarországon. Az első eredmények igencsak tanulságosak, mivel az átfertőzöttség nagyon alacsony fokúnak tűnik. No és egy jó kis explainer videó is hozzá (magyarul)
• A különleges svéd eset, avagy a svéd alternatíva – interjú a Nature-ben Anders Tegnell svéd vezető epidemiológussal. (angolul)
• Miért olyan óriási a COVID-19-hez köthető mortalitás Belgiumban? A járványhoz köthető halálesetek felmérésének sokféleségéről (angolul)
• Izgalmas esettanulmány egy kaliforniai megyéről, ami arra mutat rá, hogy a fertőzési arány lényegesen nagyobb, mint gondolnánk, mivel nagyon sokan tünetmentesek (angolul)
•  Egy ausztriai, átfogó minatvételezésen alapuló vizsgálat a fertőzött populáció arányát nagyon alacsonyra lövi be. (németül)
• A Science közöl egy átfogó elemzést a kínai járványevolúcióról és az intézkedések hatásáról. (angolul)
• A Reuters átfogó elemzése Olaszország, jelesül Észak-Olaszország helyzetéről. Miértek és mikéntek (angolul)
• Kevés olyan adatsor van, ami a dél-koreainál teljesebb és tudományosan egészen korrekt módon elemezhető. A Reuters elemzése a betegség terjedéséről Dél-Koreában. (angolul)
• A Diamond Princess hajón utazók képviselik a másik olyan populációt, amire vontakozón kimerítő részletességű adatssorokkal renddelkezünk. Ennek jelentőségéről szól a Nature cikke (angolul)

És mi lesz utána?

• Mekkora változások várhatók a természetvédelem/természet terén? Interjú Föld Napja apropóval némi koronavírusos kitekintéssel dr. László Zoltán kolozsvári biológus egyetemi okatóval (magyarul)
• Egy világjárvány sok mindent megváltoztathat. Túl az egészségügy mikéntjein hatással lehet viselkedésünkre (távolságtartóbbak leszünk?), az oktatási rendszerre (több lesz a „távoktatás” jellegű óra?), de akár a gazdaságra is (elterjedtebb lesz az otthonülős munkavégzés?). Erről és sok más egyébről szól a Politico jó kis interjúfűzére, aminek keretében neves szakembereket kérdeztek meg a jövőről. A jelen ismeretében. (angolul)

Tanvideók

•  💡 Interjú Barabási Albert-Lászlóval a járványról a Hősök Tere Karantén Szalonban (magyarul)
• Mi a különbség a vírusok és a baktériumok között? (magyarul)
• A koronavírusok evolúciójáról, genetikájáról és virulenciájáról (angolul)

https://www.youtube.com/embed/VOTGEitAsF4 https://www.youtube.com/embed/EHbTqMbHxwk

• Mi történhet, ha valaki megfertőződik a SARS-CoV-2 vírussal? (angolul)
• Hogy néz ki egy fertőzött tüdő? (angolul)

• Járványszimulátor (angolul)
• A COVID-19 járvány terjedésének modellezése (angolul)
• Mi a nyájimmunitás, hogyan működik? (magyarul)
• Mi a nyájimmunitás, hogyan működik? (angolul)

https://www.youtube.com/embed/gxAaO2rsdIs https://www.youtube.com/embed/54XLXg4fYsc https://www.youtube.com/embed/JBr6Sy5wLVU https://www.youtube.com/embed/cEn1PKyBUNc

Egyéb segédanyagok

• Járványszimulátor
• COVID-19 görbék összehasonlítása. Szabadon összehasonlíthatók különböző országok. (angolul)

Szakirodalom

• A COVID-19 járványról a Nature lapcsaládban
• A Science COVID-19 tudományos cikklistája
• Az Európai Bioinformatikai Intézet (EMBL – EBI) koronavírus adatbázisa
• A SIAM (Society for Industrial and Applied Mathematics) járvány-modell cikkgyűjteménye

Az oldalt összeállította és szerkesztette: dr. Papp Judit adjunktus, dr. Markó Bálint egyetemi tanár